いじめられっ子の少年バスチアンは、古本屋で不思議な本を見付ける。ページをめくると本の世界に引き込まれ、そこは全てを無に変える恐ろしい何かが迫り危機に直面しているファンタージェンという国だった。女王の原因不明の病気の治療法を探しに少年アトレーユは旅に出る…。